Bonsai yetiştirmek için kullanılan tohumlar, genellikle belirli ağaç türlerine ait olup, bu türlerin minyatür versiyonlarını üretebilecek genetik özelliklere sahiptir. Bonsai yetiştiricileri, bu tohumları kullanarak bonsai ağaçlarını kendi elleriyle şekillendirebilirler.